| O Comando do 3º Distrito Naval possui 15 Organizações Militares diretamente subordinadas na área de sua jurisdição. |
 Órgãos Operativos:
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| ERMN - Estação Radiogoniométrica da Marinha em Natal. |
| GPTFNNA - Grupamento de Fuzileiros Navais de Natal. |
 | COMGPTPATNAVNE - Comando do Grupamento de Patrulha Naval do Nordeste.  Meios Operativos:
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| |  | P-122
Navio-Patrulha "Araguari" |  | P-42
Navio-Patrulha "Graúna" |  | P-40
Navio-Patrulha "Grajaú" |  | P-43
Navio-Patrulha "Goiana" |  | P-41
Navio-Patrulha "Guaíba" |  | P-75
Navio-Patrulha "Macau" |  | R-23
Rebocador de Alto-Mar "Triunfo" | | |
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 Órgãos de Apoio:
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| BNN - Base Naval de Natal. |
| CeIMNa - Centro de Intendência da Marinha em Natal . |
| EAMCE - Escola de Aprendizes-Marinheiros do Ceará. |
| EAMPE - Escola de Aprendizes-Marinheiros de Pernambuco. |
| HNNA - Hospital Naval de Natal. |
| HNRE - Hospital Naval de Recife. |
Órgãos que exercem Atividades Subsidiárias:
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 | SSN-3 - Serviço de Sinalização Náutica do Nordeste.  Meio Operativo:
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 | Navio Hidrográfico Balizador "Comandante Manhães" |
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 | CPAL - Capitania dos Portos de Alagoas. |
| | | AgPenedo - Agência Fluvial de Penedo |
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 | CPCE - Capitania dos Portos do Ceará. |
| |  | AgCamocim - Agência da Capitania dos Portos em Camocim | | AgAracati - Agência da Capitania dos Portos em Aracati |
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| CPPB - Capitania dos Portos da Paraíba. |
| CPPE - Capitania dos Portos de Pernambuco. |
 | CPRN - Capitania dos Portos do Rio Grande do Norte. |
| | | Agência da Capitania dos Portos em Areia Branca |
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