O Centro de Controle Interno da Marinha (CCIMAR), com sede na cidade do Rio de Janeiro, RJ, foi criado pela Portaria Ministerial nº 509, de 29 de outubro de 2012.
O CCIMAR sucedeu, por transferência de subordinação, a Diretoria de Contas da Marinha, criada pela Portaria Ministerial de nº 246, de 25 de setembro de 1998, que sucedeu, por transformação, o Serviço de Auditoria da Marinha (SAMA), criado pelo Decreto nº 74,044, de 10 de maio de 1974. Está localizado no andar térreo do Edifício Almirante Gastão Motta, na Ilha das Cobras. O CCIMAR é subordinado diretamente ao Comandante da Marinha.
No dia 23 de maio de 1977, o SAMA se instalou-se no 1º andar do prédio nº 110, situado na Rua 1º de março, tendo como primeiro Diretor o Contra-Almirante (IM )José Martins de Aguiar.
Em 6 de novembro de 1998 foi oficialmente instalada a Diretoria de Contas da Marinha (DCoM) no Ed. Almirante Gastão Mota, tendo como primeiro Diretor o Contra-Almirante (IM) Paulo Mario Beserra de Araújo.
